Вроде писал уже про это частями, но повторю все вместе…
Что делается при автоматическом обновлении: просто напросто скачивается архив, удаляется подчистую «старое» и заменяется на «новое».
Вроде бы это и правильно, но только отчасти. Руками после этого приходится все снова доделывать, а именно:
добавлять русификаторы (и еще искать их новые версии все равно надо иногда), если они лежат по правилам работы плагина в папке самого плагина,
некоторые плагины (модифицированные к примеру русскими авторами) приходится либо снова дорабатывать вручную «напильником», либо ждать когда выйдет новая версия модифицированного плагина и все равно потом его вручную заливать. а бэкапы плагинов автоматически НЕ делаются… (если вы сами не скачали их себе на диск заранее)
некоторые плагины пользователи правят вручную и забывают про это (например правят стили оформления какие нибудь) и при автообновлении все пропадает
при автоматическом обновлении движка может случайно перезаписаться также какой нибудь файл, в который вы «вмешивались» (редко, но бывает такое если вы забыли про это уже)
Да и реадми тоже полезно читать у новых версий плагинов что там реально изменилось и надо ли вообще обновляться и не торопиться… иногда просто добавляется в дистриб какой нибудь новый «язык» и тут же версию меняют.
Ну и на некоторых серверах оно вообще может не работать по ряду причин:
отключен вообще ftp на сервере (бывает такое на «личных серверах» к примеру)
истекает «таймаут» — например у меня на сервере при включенном «одном апаче» все автоматически обновляется без проблем, но при работе апача вместе с nginx обновляются автоматически нормально только мелкие плагины, а при обновлении движка может просто выдать ошибку что сервер недоступен через минуту-другую
бывают и ошибки типа таких и т.п. некоторые исправляются, а некоторые нет.